En 1928 se afilió al partido nacionalsocialista. Fue nombrado por
Hitler "Gauleiter", máximo responsable del partido, en la ciudad de Viena. En marzo de 1938, debido a la presión ejercida por Berlín, el canciller Schussnnigg le nombra ministro del Interior. Austria ya estaba a punto de ser anexionada por el Reich, y
Seyss-Inquart se encargó de solicitar la penetración de las tropas de la
Werhmacht en su territorio. Fue él también quien proclamó el
Anschluss o unión de ambos países, que convirtió a este Estado en una provincia más del Reich.
Seyss-Inquart fue nombrado Statthalter de su país hasta el mes de mayo de 1939. En ese año fue adjunto de
Frank en
Polonia y entre 1940 y 1943, comisario del Reich en la
ocupada Holanda. Allí ordenó la sistemática deportación y exterminio de la mayor parte de la población hebrea. En 1944 culminó su carrera política como administrador civil de Dinamarca. En 1946 fue condenado a muerte por el tribunal de Nuremberg y ejecutado en la horca.