Desempeñó el cargo de cónsul. Sus inclinaciones políticas a favor de
Pompeyo, le pusieron en contra de
César, a quién sometió estando en Hispania, en las inmediaciones de Lérida. En Farsalia volvió a enfrentarse a César, pero en esta ocasión fue el propio Afranio quien sufrió la derrota. Algunas fuentes históricas señalan que encontró la muerte en la batalla de Zapino.