Descendiente de judíos, fue uno de los colaboradores del
cardenal Cisneros en la realización de la Biblia Políglota Complutense. Trabajó en el texto latino y se encargó de las traducciones interlineales del griego, labor que realizó con
Nebrija,
López de Zúñiga y Bartolomé de Castro. Para Cisneros también realizó la edición de
Aristóteles y trabajó a sus órdenes como secretario. A la muerte del cardenal, se trasladó a los Países Bajos. Allí estableció un primer contacto con
Erasmo de Rótterdam. El siguiente destino de Vergara fue Toledo, donde entró como secretario del arzobispo Fonseca. No obstante, su proximidad a
las ideas defendidas por Erasmo le involucraron en un proceso inquisitorial que duró varios años. Se le acusó de defender la traducción de la Biblia en varios idiomas, entre otros argumentos. A mediados de siglo escribió "Tratado de las ocho quesitiones del Templo".