Comenzó su actividad política a finales del
Bienio Progresista, en las filas de la milicia nacional. Integrante del progresismo, fue uno de los dirigentes de la
sublevación de San Gil de 1866, por lo que sufrió el exilio. Participó activamente en la preparación del pronunciamiento de 1868, ocupando diversas carteras ministeriales en los primeros Gobiernos del
Sexenio. Su talante reformista le llevó a profundizar los principios democráticos de la septembrina. Con la
llegada de
Amadeo al trono, Ruiz Zorrilla creó el partido radical, que asumió el gobierno a finales de
1872, con un programa avanzado que incorporaba la abolición de la esclavitud en las colonias, que sólo pudo conseguirse en Puerto Rico. Apartado temporalmente de la política tras la abdicación de Amadeo, se declaró republicano desde los primeros tiempos de la
República, auspiciando diversas intentonas armadas a lo largo de los años ochenta, siempre frustradas. En 1880 fundó el Partido Republicano Progresista, con la colaboración de algunas personalidades del Sexenio, como
Cristino Martos, que después abandonaron el proyecto.