Fue ascendido a capitán general de Cuba en 1890. Polavieja siempre apoyó el camino de la conciliación con respecto al problema cubano, en oposición a las propuestas de
Romero Robledo. Este enfrentamiento acabó provocando su dimisión.
A mediados de la década de los noventa es nombrado gobernador de Filipinas. En estos años se opuso a los
movimientos independentistas. Este factor permitió que volviera a ser bien considerado en el ámbito militar. Su dimisión tuvo lugar cuando el gobierno no le concedió la ayuda que había solicitado. Tras su vuelta a España encabezó al cartera de Guerra y fue Jefe de Estado Mayor Central.