Las causas de la decadencia de
Monte Albán son desconocidas. Es muy posible que comenzara de manera paralela a la ocurrida en
Teotihuacan; por otra parte, durante el
Clásico Tardío existían en la cuenca central otros sitios importantes como Cuilapan, Zaachila, Mitla o Lambityeco que estaban preparados para tomar el relevo de poder que había centralizado durante tantos años Monte Albán. Además, los
estados mixtecos venían ejerciendo fuertes presiones sobre las poblaciones del valle de Oaxaca. Todas estas causas pudieron confluir en su decadencia, pero también es cierto que Monte Albán fue fundada como la capital de una confederación de jefaturas y en su mismo origen pudo llevar el germen de su destrucción; en el sentido de que esos mismos
poderes locales y territoriales pudieron colaborar en su colapso.