El genovés Juan Bautista Cybo eligió el nombre de Inocencio para su pontificado. Su debilidad motivó la concesión a
los Reyes Católicos los beneficios eclesiásticos del reino granadino y el derecho de presentación para todos los titulares de los cargos eclesiásticos, incluidos obispos. Esa debilidad también influyó en la decadencia de la curia y el colegio cardenalicio. Inocencio VIII se vio involucrado de pleno en la llamada Guerra de los Barones al apoyar a los nobles napolitanos contra Ferrante, provocando la ruptura de las relaciones pontificias con
Milán,
Florencia,
Aragón y
Hungría. Las tropas napolitanas sitiaron Roma lo que motivó el reconocimiento definitivo de Ferrante.