Ante la sublevación de
Gonzalo Pizarro en Perú,
Carlos I le envió con plenos poderes para someterla. Consiguió recabar el apoyo de importantes figuras, como Pedro de Hinojosa, el adelantado
Benalcázar y
Pedro de Valdivia, derrotando a Gonzalo Pizarro en Jaquijaguana (1548) y ordenando su ajusticiamiento. Pacificado
el país, reorganizó la Audiencia y los cabildos, elaborando una relación secreta de nuevas encomiendas y mercedes que dejó antes de salir para España, en 1550.