Siguió la carrera eclesiástica y fue ordenado sacerdote, pasando a ser párroco de su pueblo natal. En la invasión francesa de 1808 fue maltratado y apresado por las tropas de
Napoleón, consiguiendo escapar. Desde ese momento se convirtió en uno de los más prestigiosos guerrilleros de
la resistencia española, alcanzando el cargo de gobernador militar de Burgos en 1814. Sus éxitos fueron premiados por el recién llegado
Fernando VII con una canonjía en Palencia, pero el cura Merino tuvo que abandonarla por enemistades con sus compañeros.
El Trienio Liberal de 1820-1823 le llevó de nuevo a la guerrilla como declarado absolutista, participando en las partidas que hacían de vanguardia a los "Cien Mil Hijos de San Luis". Se hizo carlista tras el fallecimiento de Fernando VII, convirtiéndose en uno de los líderes del movimiento en Castilla y participando en los sitios de Morella y Bilbao. Se hizo fuerte en Soria, pero la paz que trajo el Convenio de Vergara de 1839 motivaría su marcha a Francia, junto al pretendiente Carlos María Isidro, falleciendo en el país vecino.