Es elegido pontífice en 1800. Un año después se produce su primera intervención importante al firmar el acuerdo de Lunéville, que establece la devolución de los Estados Pontificios. En 1804, Pío VII, de nombre Barnaba Chiaramonti, se encargó de oficiar la coronación de
Napoleón. Su participación en dicho acontecimiento no le sirvió de nada cinco años más tarde cuando vivió la invasión de Roma a manos de los ejércitos de Bonaparte. Tras este episodio el pontífice tuvo que exiliarse en Francia. En 1814 vuelve a Roma y recupera los Estados Pontificios.