La decapitación de Santiago

El 6 de marzo de 1568 Navarrete es nombrado pintor del rey. Desde ese momento su salud empezará a resentirse, aquejada de problemas estomacales. En 1571 envió cuatro lienzos a El Escorial entre los que se encuentra el Martirio de Santiago, su obra más significativa. El padre Sigüenza considera que lo más importante de esta obra es la verosimilitud, "la actitud y movimiento es, quando passa el cuchillo por la garganta del Apóstol, con tanta propiedad y naturaleza, que jurarán los que le vieren que comienza a expirar". En este sentido, Navarrete confiere al cuadro piadoso el realismo, la dignidad y la sobriedad que exigía la Iglesia española de la Contrarreforma.
Así, el santo aparece en primer plano junto a su verdugo, arrodillado, abriendo las manos en actitud de admitir el martirio. El verdugo exhibe su potente anatomía tomada de Miguel Ángel. Al fondo podemos advertir un fondo de lucha, envolviendo el conjunto una sensación atmosférica tomada de la escuela veneciana, especialmente de Tintoretto.